Autores
M. Arroyo Varela, R. Larrosa Jiménez, M.G. Claros Díaz, M.A. Cobo Dols, R. Bautista Moreno
Introducción
El cáncer de pulmón es el de mayor prevalencia y mortalidad. Uno de los grandes avances terapéuticos es la medicina personalizada, basada en biomarcadores que ayudan en la filiación y elección del tratamiento. La mayoría de los biomarcadores buscan variaciones génicas, que suponen solo un 2% del genoma humano. En cambio, el 45% está formado por secuencias repetitivas y transposones poco estudiados como biomarcadores debido a la dificultad de su secuenciación y análisis. En este trabajo se contribuye a la búsqueda de biomarcadores.
Metodología
Usando datos generados a partir de la ultrasecuenciación del transcriptoma completo de tejido sano y tumoral de pacientes de adenocarcinoma (LAC), carcinoma epidermoide (SqCC) y carcinoma microcítico de pulmón (SCLC), se han obtenido y secuenciado muestras. Hemos diseñado nuevos flujos de trabajo bioinformáticos para la búsqueda de biomarcadores en genes, secuencias repetitivas y transposones además de estudiar como influye la proximidad de un gen a un transposón.
Resultados
Entre los elementos repetitivos propuestos como biomarcadores, HERVK10D-Int está sobreexpresado en LAC y no en SCLC, y UCON88 sobreexpresado en SCLC sin presentar expresión en LAC. HERVL18-int, AluYg6 y LTR18B presentan expresión diferencial en el mismo sentido en ambos tipos histológicos. Se han propuesto parejas de genes y transposones próximos en las que ambos elementos aparecen diferencialmente expresados en el mismo sentido: 16 en LAC, y 36 en SCLC, siendo 3 parejas comunes a ambos (AluY-LONRF3, L1PA3-AC007743.1 y LTR10A-ATF7IP2). Estas parejas además cambian de expresión en el mismo sentido en todos los pacientes y enfermedades.
También se han propuesto 3 genes con capacidad diagnóstica y pronóstica en LAC (TMC5, CAPN8-2 y MUC1) y 3 con utilidad diagnóstica en SCLC (ADYCAP1, BMX y TUBA1A). También se ha demostrado la utilidad de detectar los biomarcadores en cohortes pequeñas y verificarlos en cohortes grandes de las bases de datos. Finalmente, pensando en la futura aplicación clínica, se proponen genes de referencia (RPL14, ATP5F1A-202, UBA52, HNRN-PA1P54) para análisis de RT-PCR o en los que no se cuente con tejido sano con el que comparar.
Conclusiones
De los estudios derivados de este trabajo hemos podido concluir que no existe una desregulación inespecífica de la expresión de los elementos repetitivos cuando las células pulmonares sufren una transformación neoplásica. Las parejas de transposones y genes cercanos presentan en general un cambio de expresión en el mismo sentido y de la misma magnitud, y ha permitido descubrir nuevos genes que podrían estar implicados en el cáncer de pulmón. Puesto que en este trabajo hemos tenido la precaución de escoger los biomarcadores por su comportamiento homogéneo en todos los pacientes no descartamos que estos resultados puedan aplicarse a corto plazo a las broncoscopias, e incluso a la biopsia líquida.
