LA METILACIÓN DEL CFDNA EN SANGRE PERIFÉRICA PERMITE CLASIFICAR A LOS PACIENTES CON EPOC SEGÚN LOS CRITERIOS DE LA GOLD. ESTUDIO IBICENCA
AUTORES
L. Alvarez Muro, C. Hoyas Sánchez, M.J. Serrano Fernández, P.J. Romero Palacios, B. Alcázar Navarrete
INTRODUCCIÓN
El ADN libre de células circulantes (cfDNA) es un importante biomarcador de biopsia líquida muy próximo a la clínica debido a sus aplicaciones en el diagnóstico y el pronóstico. Este estudio pretende evaluar la metilación del cfDNA en sangre periférica como un biomarcador de la EPOC para proporcionar un diagnóstico precoz preciso.
METODOLOGÍA
Estudio observacional prospectivo multicéntrico realizado en 3 centros hospitalarios de Andalucía, que incluyó a pacientes con EPOC y controles sanos (pareados por edad, sexo y tabaquismo) atendidos en consultas externas. De cada paciente se extrajeron 200 μL de sangre total para análisis de metilación. Los sitios de metilación del ADN del genoma se analizaron utilizando el Infinium® MethylationEPIC BeadChip v1 (Illumina). Los arrays se escanearon utilizando la plataforma iScan (Illumina). Se utilizó el Chip Analysis Methylation Pipeline modificado para Illumina HumanMethylation450. La metilación diferencial se evaluó con una regresión beta jerárquica de dos niveles sobre una anotación basada en islas CpG. Los análisis de metilación diferencial se utilizaron como estrategia de extracción de características, para construir dos máquinas de vectores de soporte (SVM) de expresión basadas en islas CpG de metilación con núcleos lineales.
RESULTADOS
Participaron en el estudio 153 sujetos de los que finalmente se obtuvieron muestras válidas para 128 participantes (64 controles, 64 pacientes con EPOC). De los pacientes con EPOC (edad media 63 años, 18% mujeres, FEV1 53% teórico), 28 pertenecían al grupo GOLD A, 16 al GOLD B, 3 al GOLD C y 17 al grupo D. El análisis de metilación encontró 19.576 islas diferencialmente metiladas (DMIs) entre EPOC y controles. El análisis del componente principal (PCA) distinguió a los pacientes con EPOC de los controles sanos y separó los subgrupos dentro de la cohorte de EPOC según los grados GOLD basándose en los valores de metilación (Figuras 1 y 2)
CONCLUSIONES
El análisis de metilación del cfDNA en sangre periférica discrimina a pacientes con sujetos sanos de pacientes con EPOC y dentro de los EPOC los diferentes grados de GOLD. El análisis de metilación puede ser un biomarcador simple para el diagnóstico de EPOC.
